Развертывание WCF-сервиса в корпоративной среде для решения задач интеграции довольно стандартная задача. Это может быть, например, сервис, который предоставляет API для работы с некоторой системой.
Такой WCF-сервис можно развернуть на отдельном сайте, защищенном встроенной (integrated) windows-аутентификацией. Для корректной работы такого сервиса необходимо выполнить несколько настроек в файле web.config приложения.

1. В секции <system.web> необходимо указать <authentication mode="Windows" />
2. Секция <system.serviceModel> должна быть отредактирована, в соответствии с примером ниже:

<system.serviceModel>
   <services>
     <service name="PortalTestingService.TestingService" behaviorConfiguration="PortalTestingServiceBehavior">
       <!-- Service Endpoints -->
       <endpoint address="" binding="basicHttpBinding" contract="PortalTestingService.IService" bindingConfiguration="TestingBinding">
         <identity>
           <dns value="localhost"/>
         </identity>
       </endpoint>
     </service>
   </services>
   <bindings>
     <basicHttpBinding>
       <binding name="TestingBinding">
         <security mode="TransportCredentialOnly">
           <transport clientCredentialType="Windows" />
         </security>
       </binding>
     </basicHttpBinding>
   </bindings>
   <behaviors>
     <serviceBehaviors>
       <behavior name="PortalTestingServiceBehavior">
         <!-- To avoid disclosing metadata information, set the value below to false and remove the metadata endpoint above before deployment -->
         <serviceMetadata httpGetEnabled="true"/>
         <!-- To receive exception details in faults for debugging purposes, set the value below to true -->
         <serviceDebug includeExceptionDetailInFaults="true"/>
       </behavior>
     </serviceBehaviors>
   </behaviors>
</system.serviceModel>

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Net;
using System.ComponentModel;
using System.ServiceModel;
using System.Security;

namespace PortalTestingApp
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            BasicHttpBinding basicHttpBinding = new BasicHttpBinding();
            basicHttpBinding.Security.Mode = BasicHttpSecurityMode.TransportCredentialOnly;
            basicHttpBinding.Security.Transport.ClientCredentialType = HttpClientCredentialType.Windows;
			
            EndpointAddress endpoint = new EndpointAddress("http://servername/TestingService.svc");
            ServiceReference1.ServiceClient client = new PortalTestingApp.ServiceReference1.ServiceClient(basicHttpBinding, endpoint);
            client.ClientCredentials.Windows.AllowedImpersonationLevel = System.Security.Principal.TokenImpersonationLevel.Impersonation;
            
            //client.ChannelFactory.Credentials.Windows.ClientCredential = System.Net.CredentialCache.DefaultNetworkCredentials;
            client.ChannelFactory.Credentials.Windows.ClientCredential.UserName = "username";
            client.ChannelFactory.Credentials.Windows.ClientCredential.Password = "userpassword";
            client.ChannelFactory.Credentials.Windows.ClientCredential.Domain = "DOMAINNAME";

            client.TestMethod(1);
        }
    }
}